26 Ocak 1940 tarihinde Ankara'da doğan Ayten Gökçer, 1953 yılında Ankara Devlet Konservatuvarı'nın bale bölümüne girdi. 1958 yılında Devlet Tiyatroları sanatçı kadrosuna girdi.
Sinemaya 1965'te Taçsız Kral adlı filmle başladı. Ancak daha sonra sinemadan daha çok tiyatroya önem verdi. Yedi Kocalı Hürmüz adlı müzikalde "Hürmüz" rolü ile başrolde oynadı. 1988'de devlet sanatçısı olan Ayten Gökçer, pek çok ödül kazandı. 1999 yılında Yılan Hikayesi adlı dizi ile televizyon dizilerinde oynamaya başladı. Ayten Gökçer, sanatçı Cüneyt Gökçer ile evliydi.
1964 yılında tiyatro oyuncusu Cüneyt Gökçer ile dünya evine giren Ayten Gökçer'in Aslı Gökçer Oba adında kızı var.